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Allgemeines

Auf dieser Seite finden Sie verschiedene Informationen zu der Vorlesung "Bioinformatik", die im Sommersemester 2008 von Andreas Nürnberger gehalten wird. Diese Seite wird während der Lehrveranstaltung laufend aktualisiert.

Unter Bioinformatik versteht man die Entwicklung und Nutzung von Methoden und Werkzeugen der Informatik für Fragen der Biologie, wobei der Molekularbiologie in letzter Zeit besonderes Interesse zukommt. Durch die Verfügbarkeit genomischer Information ist die Biologie von einer phänomenologischen, beschreibenden zu einer analytischen, erklärenden Wissenschaft geworden. Die Analyse genomischer Information ist insbesondere aus zwei Gründen besonders schwierig: Der Datenbestand ist extrem groß und die Genome zweier Individuen sind niemals gleich. Die Bioinformatik spielt deshalb sowohl bei der Datengewinnung und -verwaltung als auch bei der Datenanalyse eine unverzichtbare Rolle.

Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die wesentlichen (molekular-) biologischen Grundlagen in knapper Form vermittelt. Anschließend werden die wichtigsten Methoden zur Analyse genomischer Information behandelt. Die Schwerpunkte liegen dabei auf Algorithmen zur Sequenzanalyse sowie probabilistischen Methoden. Außerdem wird ein Überblick über weitere Methoden und Techniken gegeben, beispielsweise aus den Bereichen maschinelles Lernen und Datenbanken.

Termine und Räume

Am Ende des Semesters findet eine zweistündige Klausur statt.
Weiteres wird in der ersten Übung bekanntgegeben.

Die Wiederholungsprüfung findet am 18.2. von 9 bis 11 Uhr im Hörsaal 3, Gebäude 50 statt.
Die Möglichkeit zur Konsultation besteht am 4.2. von 9 bis 11 Uhr in Gebäude 29, Raum 005.

Lehrende

Wenn Sie Fragen zur Vorlesung oder zu den Übungen haben, wenden Sie sich bitte (wenn möglich, per E-Mail) an:

• Andreas Nürnberger
  E-Mail: andreas.nuernberger@ovgu.de
• Sebastian Stober
  E-Mail: stober@iti.cs.uni-magdeburg.de

Materialien

Materialien zur Vorlesung und den Übungen werden im Laufe des Semesters hier eingestellt.

Vorlesungsfolien

Diese werden im Laufe der Vorlesung ergänzt.

• Einführung 
• ER-Modell und Molekularbiologische Datenbanken (Teil 1) 
• ER-Modell und Molekularbiologische Datenbanken (Teil 2) 
• Sequenzvergleiche (exakt) 
• Sequenzvergleiche (approximativ) 
• Sequenzvergleiche (heuristisch) 
• Sequenzvergleiche (Signifikanz) 
• Clusteranalyse  
• Expressionsdatenanalyse (Teil 1)  
• Expressionsdatenanalyse (Teil 2)  
• Phylogenetische Bäume (Teil 1)  
• Phylogenetische Bäume (Teil 2)  
• Phylogenetische Bäume (Teil 3)  
• The Use of Ontologies in Bioinformatics  
• Genom- und Proteomanalyse  
• Zusammenfassung  

Übungen

• Übungsblatt 1
• Übungsblatt 2
• Übungsblatt 3
• Übungsblatt 4
• Übungsblatt 5
• Übungsblatt 6
• Übungsblatt 7

Literatur

• R. Merkl, S. Waak. Bioinformatik Interaktiv: Algorithmen und Praxis. Wiley-VHC, 2003.
• R. Rauhut. Bioinformatik: Sequenz-Struktur-Funktion. Wiley-VHC, 2001.
• D.E. Krane, ML. Raymer. Fundamental Concepts of Bioinformatics. Pearson Education, 2003.
• J. Setubal, J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company, 1997.
• A. M. Lesk. Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, 2002.
• A. M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.