Bioinformatik
Auf dieser Seite finden Sie verschiedene Informationen zu der Vorlesung "Bioinformatik", die im Sommersemester 2009 von Andreas Nürnberger gehalten wird. Diese Seite wird während der Lehrveranstaltung laufend aktualisiert.
Allgemeines
Unter Bioinformatik versteht man die Entwicklung und Nutzung von Methoden und Werkzeugen der Informatik für Fragen der Biologie, wobei der Molekularbiologie in letzter Zeit besonderes Interesse zukommt. Durch die Verfügbarkeit genomischer Information ist die Biologie von einer phänomenologischen, beschreibenden zu einer analytischen, erklärenden Wissenschaft geworden. Die Analyse genomischer Information ist insbesondere aus zwei Gründen besonders schwierig: Der Datenbestand ist extrem groß und die Genome zweier Individuen sind niemals gleich. Die Bioinformatik spielt deshalb sowohl bei der Datengewinnung und -verwaltung als auch bei der Datenanalyse eine unverzichtbare Rolle.
Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die wesentlichen (molekular-) biologischen Grundlagen in knapper Form vermittelt. Anschließend werden die wichtigsten Methoden zur Analyse genomischer Information behandelt. Die Schwerpunkte liegen dabei auf Algorithmen zur Sequenzanalyse sowie probabilistischen Methoden. Außerdem wird ein Überblick über weitere Methoden und Techniken gegeben, beispielsweise aus den Bereichen maschinelles Lernen und Datenbanken
Termine und Räume
| Zeit | Beginn | Raum | |
| Vorlesung | Mo 15:00 - 17:00 | am 02.04.2009 zum Übungstermin | G22A-013 |
| Übung | Do 09:00 - 11:00 | am 09.04.2009 | G10-460 |
| Klausur | 24.7.2009 10:00 - 12:00 | G50-HS3 |
Die Einsicht in die Klausur ist am 14.10.2009 von 13:00-14:00 und am 19.10.2009 von 15:00-16:00 in G29-118 bei Korinna Bade möglich.
Lehrende
Wenn Sie Fragen zur Vorlesung oder zu den Übungen haben, wenden Sie sich bitte (wenn möglich, per E-Mail) an:
Organisatorische Regelungen für die Prüfung und den Übungsschein
Am Ende des Semesters findet eine zweistündige Klausur statt. Weiteres wird in der ersten Übung bekanntgegeben.
Materialien
Vorlesung
- Einführung Bioinformatik
- Einführung Datenbanken (ergänzt am 7.4.2009)
- Molekularbiologische Datenbanken
- Sequenzvergleiche (ergänzt am 5.5.2009)
- Clusteranalyse (ergänzt am 20.5.2009)
- Expressionsdatenanalyse (ergänzt am 10.6.2009 und am 17.6.2009; Folie 49 korrigiert am 18.6.2009)
- Phylogenetische Bäume (aktualisiert am 6.7.2009)
- Genom- und Proteomanalyse
Übung
- 1. Übungsblatt
- 2. Übungsblatt
- 3. Übungsblatt
- 4. Übungsblatt
- 5. Übungsblatt
- 6. Übungsblatt
- 7. Übungsblatt
- 8. Übungsblatt
- 9. Übungsblatt
- 10. Übungsblatt
Literatur
- R. Merkl, S. Waak. Bioinformatik Interaktiv: Algorithmen und Praxis. Wiley-VHC, 2003.
- R. Rauhut. Bioinformatik: Sequenz-Struktur-Funktion. Wiley-VHC, 2001.
- D.E. Krane, ML. Raymer. Fundamental Concepts of Bioinformatics. Pearson Education, 2003.
- J. Setubal, J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company, 1997.
- A. M. Lesk. Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, 2002.
- A. M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.