Bioinformatik
Auf dieser Seite finden Sie verschiedene Informationen zu der Vorlesung "Bioinformatik", die im Sommersemester 2011 von Andreas Nürnberger gehalten wird. Diese Seite wird während der Lehrveranstaltung laufend aktualisiert.
Für die Teilnehmer an dieser Vorlesung wurde eine Mailingliste eingerichtet.
Allgemeines
Unter Bioinformatik versteht man die Entwicklung und Nutzung von Methoden und Werkzeugen der Informatik für Fragen der Biologie, wobei der Molekularbiologie in letzter Zeit besonderes Interesse zukommt. Durch die Verfügbarkeit genomischer Information ist die Biologie von einer phänomenologischen, beschreibenden zu einer analytischen, erklärenden Wissenschaft geworden. Die Analyse genomischer Information ist insbesondere aus zwei Gründen besonders schwierig: Der Datenbestand ist extrem groß und die Genome zweier Individuen sind niemals gleich. Die Bioinformatik spielt deshalb sowohl bei der Datengewinnung und -verwaltung als auch bei der Datenanalyse eine unverzichtbare Rolle.
Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die wesentlichen (molekular-) biologischen Grundlagen in knapper Form vermittelt. Anschließend werden die wichtigsten Methoden zur Analyse genomischer Information behandelt. Die Schwerpunkte liegen dabei auf Algorithmen zur Sequenzanalyse sowie probabilistischen Methoden. Außerdem wird ein Überblick über weitere Methoden und Techniken gegeben, beispielsweise aus den Bereichen maschinelles Lernen und Datenbanken.
Termine und Räume
| Zeit | Beginn | Raum | |
| Vorlesung | Mo 15:00 - 17:00 | 04.04.2011 | G22A-013 |
| Übung | Do 09:00 - 11:00 | 07.04.2011 | G10-460 |
| Klausur | Fr 10:00 - 12:00 | 22.07.2011 | G50-HS3 |
| Konsultation zur Wiederholungsklausur | Do 10:00 - 11:00 | 09.02.2012 | G29-005 |
| Wiederholungsklausur | Mi 09:00-11:00 | 15.02.2012 | G10-111 |
Weitere Informationen gibt es auch im Univis.
Lehrende
Wenn Sie Fragen zur Vorlesung oder zu den Übungen haben, wenden Sie sich bitte (wenn möglich, per E-Mail) an:
- Andreas Nürnberger
E-Mail: andreas.nuernberger@ovgu.de - Sebastian Stober
E-Mail: stober@ovgu.de
Organisatorische Regelungen für die Prüfung und den Übungsschein
Am Ende des Semesters findet eine zweistündige Klausur statt. Weiteres wird in der ersten Übung bekanntgegeben.
Materialien
Vorlesung
- Einführung Bioinformatik
- ER-Modell und Molekularbiologische Datenbanken (vollständig)
- Sequenzvergleiche
- Clusteranalyse
- Expressionsdatenanalyse
- Phylogenetische Bäume
Übung
- Übungsblatt 1 - Beipieldatenbank für Aufgabe 1.2
- Übungsblatt 2
- Übungsblatt 3
- Übungsblatt 4 - Demoprogramm zur Textsuche
- Übungsblatt 5
- Übungsblatt 6
- Übungsblatt 7
- Übungsblatt 8
- Übungsblatt 9
- Übungsblatt 10
Zusatzmaterial
Literatur
- R. Merkl, S. Waak. Bioinformatik Interaktiv: Algorithmen und Praxis. Wiley-VHC, 2003.
- R. Rauhut. Bioinformatik: Sequenz-Struktur-Funktion. Wiley-VHC, 2001.
- D.E. Krane, ML. Raymer. Fundamental Concepts of Bioinformatics. Pearson Education, 2003.
- J. Setubal, J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company, 1997.
- A. M. Lesk. Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, 2002.
- A. M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.