DATA AND KNOWLEDGE

ENGINEERING GROUP

Auf dieser Seite finden Sie verschiedene Informationen zu der Vorlesung "Bioinformatik", die im Sommersemester 2016 von Andreas Nürnberger gehalten wird. Diese Seite wird während der Lehrveranstaltung laufend aktualisiert.

Allgemeines

Unter Bioinformatik versteht man die Entwicklung und Nutzung von Methoden und Werkzeugen der Informatik für Fragen der Biologie, wobei der Molekularbiologie in letzter Zeit besonderes Interesse zukommt. Durch die Verfügbarkeit genomischer Information ist die Biologie von einer phänomenologischen, beschreibenden zu einer analytischen, erklärenden Wissenschaft geworden. Die Analyse genomischer Information ist insbesondere aus zwei Gründen besonders schwierig: Der Datenbestand ist extrem groß und die Genome zweier Individuen sind niemals gleich. Die Bioinformatik spielt deshalb sowohl bei der Datengewinnung und -verwaltung als auch bei der Datenanalyse eine unverzichtbare Rolle.

Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die wesentlichen (molekular-) biologischen Grundlagen in knapper Form vermittelt. Anschließend werden die wichtigsten Methoden zur Analyse genomischer Information behandelt. Die Schwerpunkte liegen dabei auf Algorithmen zur Sequenzanalyse sowie probabilistischen Methoden. Außerdem wird ein Überblick über weitere Methoden und Techniken gegeben, beispielsweise aus den Bereichen maschinelles Lernen und Datenbanken.

Termine und Räume

Die Klausur findet am 22.07.2016 um 10:00-12:00 Uhr im Gebäude 05 Hörsaal 4 statt.

Die Einsichtnahme der Klausur vom 22.07. findet am 06.10.2016 von 10:00-11:00 Uhr in Gebäude 29 Raum 128 statt.

Weitere Informationen zur Vorlesung und Übung sind im LSF verfügbar.

Lehrende

Wenn Sie Fragen zur Vorlesung oder zu den Übungen haben, wenden Sie sich bitte (bevorzugt per E-Mail) an:

• Andreas Nürnberger
  E-Mail: andreas.nuernberger@ovgu.de
• Thomas Low
  E-Mail: thomas.low@ovgu.de

Organisatorische Regelungen für die Prüfung

Am Ende des Semesters findet eine zweistündige Klausur statt. Weiteres wird in der ersten Übung bekanntgegeben.

Materialien

Vorlesung

• Einführung
• Molekularbiologische Datenbanken
• Sequenzvergleiche
• Clusteranalyse
• Expressionsdatenanalyse
• Phylogenetische Bäume

Übung

• Folien der ersten Übung
• Übungsblatt 1
• Übungsblatt 2
• Übungsblatt 3 (SQLite-Datenbank)
• Übungsblatt 4
• Übungsblatt 5
• Übungsblatt 6
• Übungsblatt 7
• Übungsblatt 8
• Übungsblatt 9
• Übungsblatt 10
• Übungsblatt 11 (für den 30. Juni 2016)

Zusatzmaterial

• Klausur 2010

Literatur

• R. Merkl, S. Waak. Bioinformatik Interaktiv: Algorithmen und Praxis. Wiley-VHC, 2003.
• R. Rauhut. Bioinformatik: Sequenz-Struktur-Funktion. Wiley-VHC, 2001.
• D.E. Krane, ML. Raymer. Fundamental Concepts of Bioinformatics. Pearson Education, 2003.
• J. Setubal, J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS Publishing Company, 1997.
• A. M. Lesk. Bioinformatik: Eine Einführung. Spektrum Akademischer Verlag, 2002.
• A. M. Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.